Ubuntu cluster

Ikke oppdatert Denne siden er ikke oppdatert på lang tid, og kan inneholde utdatert informasjon eller feil. Oppdatert informasjon og brukerveiledninger for IT-tjenestene finnes i UiBhjelp (https://hjelp.uib.no).

Under følger en liten liste over de viktigste endringene relatert til cluster / regnemaskiner etter overgangen fra Fedora til Ubuntu, sommeren 2012.

OpenMPI / Mpich2

I de fleste clusterinstallasjoner installeres nå både OpenMPI og Mpich2. Disse skal i teorien ha lik syntaks, men i praksis er det endel udokumenterte forskjeller.

Om man starter mpiexec eller mpirun vil det være OpenMPI som blir kjørt.

Ønsker du å bruke Mpich2 kan du starte det på denne måten: mpiexec.mpich2 , på samme måte kan du eksplisitt be om OpenMPI: mpiexec.openmpi

I OpenMPI versjon 1.3 og oppover prosessmanageren 'mpd' byttet ut med 'Hydra'. Hydra startes automatisk og du trenger som regel ikke å tenke noe mer over den.

mpiexec.mpich2 -f hosts -iface eth0 -n 2 -v ./program